UMR 8126
Responsable
Vasily Ogryzko
Groupe Protéomique et épigénétique
Développement des outils de la protéomique pour étudier les mécanismes épigénétiques
Vasily OGRYZKO - DR2, INSERM
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Emilie COCHET - Technicienne IGR
Chloé ROBIN - Technicienne CNRS
Arman KULLYASSOV - Agent contractuel CNRS
Mohammed SHOAIB - Doctorant |
Travaux et objectifs
Un défi important de l'ère de la post-génomique réside dans la compréhension des mécanismes de traitement et de codage de l’information épigénétique. L'information épigénétique s’ajoute à l'information génétique. Elle est portée par des structures moléculaires autres que l'ADN, mais elle ne peut pas être déduite de l’analyse de la seule séquence du génome. Dans beaucoup de pathologies, en particulier dans le domaine de l'oncogénèse, le rôle des facteurs épigénétiques est de plus en plus reconnu. La compréhension des mécanismes de traitement et de transmission de l’information épigénétique constitue l’objectif de la discipline naissante de l'épigénétique moléculaire. C’est aussi le sujet de travail principal de notre groupe. Puisque, excepté dans le cas de la méthylation de l’ADN, la plupart de l’information épigénétique est codée dans des états des protéines, la protéomique est l'approche de choix pour l'épigénétique moléculaire. La chromatine, le complexe hiérarchiquement organisé d’ADN, de protéines histones et non histones, est de plus en plus reconnu comme principal vecteur de l’information épigénétique. Nos travaux antérieurs et nos projets se concentrent sur le développement et l'utilisation des outils de la protéomique pour étudier les mécanismes du traitement de l’information épigénétique codée dans la chromatine.
Principales publications
Viens A, Mechold U, Brouillard F, Gilbert C., Leclerc P, and Ogryzko V. Analysis of the human histone H2AZ deposition in vivo argues against its direct role in epigenetic templating mechanisms. (Mol Cell Biol, 2006 Jul;26(14):5325-35)
Viens A., Harper F., Pichard E., Comisso M., Pierron G., Ogryzko V.
Use of protein biotinylation in vivo for immunoelectron microscopic localization of a specific protein isoform (The Journal of Histochemistry & Cytochemistry, 2008 Oct;56(10):911-9. Epub 2008 Jun
23)
Shoaib M., Baconnais S., Mechold U., Le Cam E., Lipinski M., and Ogryzko V. Use of multiple displacement amplification for complex mixtures of DNA fragments (BMC Genomics. 2008 Sep 15;9:415)
Saade E, Mechold U, Vertut D, Kulyyassov A, Lipinski M, and Ogryzko V.
Analysis of interaction partners of H4 histone by a new proteomics approach. (2009, Proteomics, in press) Parkhomchuk D, Amstislavskiy VS, Soldatov A and Ogryzko V. Use of high throughput sequencing to observe genome dynamics at a single cell level (PNAS in press).
Collaborations
nationales et internationales
Françoise Ochsenbein, CEA, Saclay, France
Filippo Rosselli, IGR, France
Benno Schwikowski, Institut Pasteur, France
Andrei Zinoviev, Institut Curie, France
Erlan Ramanculov, NCB, Kazakhstan
Protocoles
utilisés
Biologie moléculaire classique
Southern et Western blots,
Clonage,
Mutagénèse dirigée,
Transformation
Biologie cellulaire
Culture et transformation de cellules de mammifères
Création de transfectants stables et transitoires ;
Transduction rétrovirale
Marquage par immunofluorescence et observation en microscopie optique
FRAP
siARN
Biochimie
Préparation d'extraits cellulaires et nucléaires
Électrophorèses en gel
Chromatographie HPLC
Protéomique
LC-MS/MS
MALDI-MS/MS
TAP protocole
