Plate-forme de génomique et bioinformatique
Composée de 12 ingénieurs, techniciens et bioinformaticiens, la plate-forme de génomique, certifiée ISO9001, est prestataire de service pour l’ensemble des projets de recherche fondamentale et translationnelle de l’IGR, menés dans le cadre de partenariats académiques et industriels, français ou internationaux. Elle assure à ce titre l’intégralité des expériences et des analyses microarrays (CGH, GE et miRNA), de PCR quantitative avec un débit de 3 000 microarrays par an. À son actif depuis sa création en 2002 : plus de 10 000 microarrays, plus de 500 projets réalisés, plus de
70 publications avec sa contribution.
Par ailleurs, la plate-forme de génomique a récemment été missionnée pour piloter l’ouverture d’un
module de séquençage à haut débit basé sur la technologie Roche 454 FLX et la technologie
ion torrent de Life Technologies : développement technologique, évaluation, intégration et mise en service des deux séquenceurs.
Un des programmes stratégiques les plus marquants, en coopération avec l'Ecole Doctorale, est le programme de formation avec les ressources de la Taxe d’Apprentissage. Il se déroule comme un appel d'offre interne IRCIV
(Institut de recherche intégrée en cancérologie à Villejuif) aboutissant à la sélection des meilleurs projets portés par les étudiants.
Ses orientations stratégiques principales :
- le renforcement de l’interaction avec l’ensemble des plate-formes technologiques, le laboratoire de recherche translationnelle et le centre de ressources biologiques.Un premier projet pilote de biologie intégrée est en cours.
- l'intégration des activités liées au programme de médecine personnalisée et aux essais thérapeutiques.
Services proposés :
- Définition du design expérimental optimal en collaboration avec les porteurs de projets
- Conseil pour la structuration et mise en place des projets
- Conseil et accompagnement pour la préparation d’échantillons/contrôle qualité.
- Production de microarrays Agilent (Gene Expression, miRNA, Comparative genomics Hybridization, CHIP, Methylation)
- Séquençage à haut débit avec la technologie FLX 454 (en développement)
- Mise à disposition sur réservation des équipements suivants : Nanodrop (quantification des acides nucléiques), Bioanalyseur (contrôle qualité d’acides nucléiques ou des protéines), appareil de PCR en temps réel (plaque 96 puits ou planques TLDA)
- Analyses des données microarrays , analyse fonctionnelle, analyse de données de séquençage
- Analyses complexes dans le cadre des essais thérapeutiques en relation avec le SITEP (Service Innovations Thérapeutiques Précoces)
Certifiée ISO9001, la plate-forme de génomique est aujourd'hui le
centre européen de référence et de formation pour la technologie Agilent.
Responsable : Vladimir Lazar
Groupe Laboratoires : Thomas Robert (coordinateur production), Catherine Richon, (responsable assurance qualité), Cédric Oréar, Noémie Pata-Merci, Marion Le Gentil, Zsofia Balogh.
Groupe Bioinformatique : Philippe Dessen (coordinateur scientifique), Guillaume Meurice (coordinateur production), Hugues Ripoche, Bastien Job, Justine Guégan, Yannis Duffourd.
Groupe Séquençage : Marion Le Gentil, Yannis Duffourd.
Pré-analytique
| Laboratoires de haute sécurité
Bioanalyseur 2100 Agilent, Nanodrop, QBIT.
| Préparation des acides nucléiques, contrôle qualité. Protocoles spécifiques pour faibles quantités d’échantillons.
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Microarrays
| Scanner Microarrays Agilent
Version C CGH (humain, souris), GE (humain souris), miRNA.
| CGH (8x60k, 4x180k, 2x400k, 1M)
GE (8x60k, exon array 244k), miRNA 8x15k, 8x60k) Méthylation, CGH/LOH
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PCR Quantitative
| Sequence Detection System
TaqMan 7900HT-LifeTechnologies.
| Support plaques 96 puits et PCR Gene cards arrays Cartes microfluidiques Taqman® Accès libre, en service commun.
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Séquençage haut débit
| Séquenceur FLX454 Roche
- Séquenceur ion torrent Life Technologies
- Automate Hamilton Starlet et station REM.
| Préparation librairies, capture sequences
Séquençage, analyse informatique.
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Bioinformatique
| Serveurs SUN, stockage disque, archivage, parc de postes de travail
Agilent Genomic Workbench – Feature Extraction – Resolver – GeneSpring – Partek – Oracle – Ingenuity Pathway Analysis, BrB Array Tools, dCHIP, SAM, R scripts/ LIMMA.
| Calculs statistiques /de recherches de similitudes de séquences, avec les banques génomiques (GoldenPath humain, murin .., banques de transcrits comme RefSeq, EnSembl, Acembly..): annotation précise des sondes des microarrays, attribution d’un nom de gène, localisation génomique et annotation fonctionnelle. Logiciel original, SBIME, développé dans le groupe.
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