L'Institut de cancérologie Gustave Roussy est piloté par un
conseil d'administration qui arrête sa politique générale ainsi que sa politique d'évaluation et de contrôle. Il compte 18 membres de droit, dont deux sont désignés par le ministre chargé de la recherche et par l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (
INSERM).
Sur le plan exécutif, l'IGR est dirigé depuis octobre 2010 par le
Professeur Alexander Eggermont. Le directeur général de l'IGR est nommé par le ministre de la Santé après avis du Conseil d'administration et de la Fédération nationale des centres de lutte contre le cancer (
Unicancer), pour une période de 5 ans.
