Plate-forme de protéomique
La technologie de l’analyse à haut débit de protéines représente un complément de la génomique dans les approches cognitives et le développement d’outils diagnostiques et thérapeutiques.
En effet, l'objectif est de fournir aux chercheurs de l'IGR les services techniques permettant l'analyse des entités protéiques (identification de protéines, comparaison de protéomes, analyse de modifications post-traductionnelles, identification des partenaires qui interagissent avec la protéine d'intérêt...). La protéomique a également pour objectif de développer un programme de recherche sur l'identification de biomarqueurs spécifiques de cancers, dans une problématique plus globale de l'analyse des milieux biologiques complexes.
Services proposés :- définition du design expérimental optimal
- collaboration avec les porteurs de projets
- conseil pour la structuration et mise en place des projets
- conseil et accompagnement pour la préparation d'échantillons / contrôle qualité
- identification de protéines
- comparaison de protéines
- analyse de modifications post-traductionnelles
Responsable : Vasily Ogryzko ;
Personnel : Emilie Cochet
Mass-Spectrometry :- Agilent API MALDI
- Agilent Server Spectrum Mill
- Agilent 6340 iontrap with ECD and CHIP cube
- Agilent Nano HPLC
Mergui X, Leteurtre F, Lipinski M, Bénard J, Amor-Guéret M. Twodistinctly altered cellular responses to DNA double-strand breaks in human neuroblastoma. (Biochimie. 2008, 90(11-12):1656-66.)
Fang M., Maria Zeisberg W., Condon C., Ogryzko V., Danchin A. Mechold U, Degradation of nanoRNA is performed by multiple redundant RNases in Bacillus subtilis (NAR, 2009 Aug;37(15):5114-25)
Saade E, Mechold U, Kulyyassov A, Vertut D, Lipinski M, Ogryzko V. Analysis of interaction partners of H4 histone by a new proteomics approach. (Proteomics. 2009 Nov;9(21):4934-43)
Perez RE, Knights CD, Sahu G, Catania J, Kolukula VK, Stoler D, Graessmann A, Ogryzko V, Pishvaian M, Albanese C, Avantaggiati ML. Restoration of DNA-binding and growth-suppressive activity of mutant forms of p53 via a PCAF-mediated acetylation pathway. (J Cell Physiol. 2010; 225(2):394-405.).
Moio P, Kulyyassov A, Vertut D, Camoin L, Ramankulov E, Lipinski M and Ogryzko V. Exploring dimethylsulfate for in vivo proteome footprinting (Proteomics, 2011 Jan;11(2):249-60)
PUB-MS - a mass-spectrometry-based method to monitor protein-protein proximity in vivo. Kulyyassov A, Shoaib M, Pichugin A, Kannouche P, Ramanculov E, Lipinski M, Ogryzko V. J Proteome Res. 2011 Aug 15.
