Responsable coordonnateur : Hugues-Olivier BERTRAND
et Philippe DESSEN
Nombre d'heures : 25 (du lundi au vendredi) 5 étudiants minimum/12 étudiants maximum

Prérequis
Connaissances très élémentaires en informatique. Un contact préalable avec le coordonnateur pour préciser votre domaine d'intérêt est souhaitable.

Objectif
Montrer quelques potentialités d'une utilisation pertinente des banques de données de séquences / structures de protéines. Initier les étudiants à l'interrogation des bases de données de génomique, de séquences ADN et protéine et aux méthodes générales d'analyses et de comparaison.

PREMIERE PARTIE

Interrogation des banques de données génomiques et analyse de séquences.
Module de 2 journées 1/2
Responsable coordonnateur : Philippe DESSEN

Programme

Enseignement interactif (plusieurs postes disponibles)

   • Interrogation de banques de données génomiques
   • Alignements de séquences
   • Recherche de similitudes dans les banques
   • Alignements multiples
   • Phylogénie

Evaluation
Un travail personnalisé est réalisé après le module et évalué par le coordonnateur.

DEUXIEME PARTIE

Modélisation moléculaire des proteines : Modeling Comparatif
Module de 2 journées 1/2
Responsable coordonnateur : H. O. BERTRAND

Prérequis
1- Les étudiants devront avoir suivi la partie 1 du module ou posséder un niveau équivalent (sur avis du responsable suite à un entretien).
2- Connaissances très élémentaires en informatique.

Objectifs
Utilisation pertinente des bases de données de séquences de protéines et de leur analyse. Application aux méthodes de modélisation comparative. Introduction à la bio-informatique structurale.

Programme

   • Interrogation de banques de données
   • Alignements de séquences / structures protéiques
   • Banques de données structurales : classification des protéines
   • Recherche d'homologie structurale
   • Méthodes d'alignement structural et modélisation moléculaire
   • Construction de structures par les méthodes de modélisation
      comparative
   • Annotations structurales

Evaluation
Travail personnalisé réalisé, soit pendant, soit après le module.

Retour à la liste